Практически значимое применение трехмерная эхокардиография находит в получении дополнительной информации о таких врожденных пороках, как: дефекты межпредсердной перегородки (ДМПП), дефекты межжелудочковой перегородки (ДМЖП), аномалии атриовентрикулярных и полулунных клапанов, аномалии выносящего тракта желудочков.